Ich vermute, das Serial.println() zu langsam ist und Du damit Werte verpasst und damit die Messung verfälscht. Weiterhin arbeitet pulseIn() leider so, das es, wenn es die erste zu messende Flanke (z.B. LOW-HIGH) verpasst, den kompletten Pulse ignoriert und erst den nächsten vollständigen Pulse verwendet, damit gehen Dir wieder Daten verloren.
pulseIn() ist gut zum Messen relativ einheitlicher Signale und Frequenzen, wo es nicht schlimm ist, wenn ein Pulse ausgelassen wird.