Cuando alimentas por la clavija eso es PWRIN, luego del D1 esta VIN que alimenta dos reguladores en paralelo (MC33269) que pueden dar maximo 500 mA c/u, porque no tienen disipador de calor. Ademas hay una complicada regla de maxima corriente por banco que deberias consultar en la hoja de datos del ATmega.
El fusible F1 de 500 mA esta en el conector USB pin 1 entre XVCC y USBVCC.