Un piccolo esempio al volo di come le cose sono diverse sulla Leonardo, provate a compilare lo sketch "Ascii Table" con l'IDE 1.0.1 per la UNO/2009 e per la Leonardo, con la prima le dimensioni sono 2600 byte, con la seconda 5256 byte, i quasi 3k in più servono per la USB.
edit: stessa cosa anche con il classico Blink, 1028 Byte per la UNO, 4980 Byte per la Leonardo.