OK, ci conto, comunque è ovvio che certezze ne ho già 
se dico che mi aspetto in un punto una data frequenza è perché ho certezza di cosa sto misurando applicato all'ingresso, ed è altrettanto ovvio che se dico che dopo una certa frequenza il circuito sballa è sempre perché so cosa sto misurando e so cosa dovrei ottenere e che invece non ottengo. Una divisione per 400 è tale che non potrei mai confondere il segnale in ingresso con quello che faccio arrivare al micro. E naturalmente prima di mettere in piedi lo schema ho studiato i datasheet dei componenti in gioco, quindi il vero problema, che poi ti ha confermato anche il tuo Professore, è che la RF è una brutta bestia da domare.
Sulla questione EMC non ne so niente, ovviamente si approfondisce; faccio solo un ragionamento da ignorante: così come sarà il frequenzimetro è uno strumento di misura, l'unica frequenza in gioco saranno i 16MHz del 328P, e comuqnue è un progetto che viene proposto per l'autocostruzione e non c'è alcun vincolo di certificazioni o altro, per quanto mi hanno spiegato.
Quindi la questione si sposta a quando qualcuno, usandolo, andrà a misurare frequenze alte, nel limite di quanto sarà dichiarato, e quello sarà un valore in cui l'RF non disturberà il circuito, quindi penso non sarà così "smisurata".
Però ripeto la cosa andrà approfondita nei termini previsti per un circuito presentato su una rivista rivolta agli hobbysti, sinceramente non ricordo mai in tutti questi anni che qualcuno si sia posto il problema, con apparecchi ben più complessi.
Quanto a saperne di più ti do' ragione solo riguardo il mio schema, perché tu non lo conosci ed io sì, per il resto assolutamente nisba 
Grazie!