Cambiato ? Dipende. Il core Arduino è andato avanti, se metti uno sketch vecchio "particolare" con librerie "particolari" potrebbe avere problemi
Se provi il semplice esempio Blink non c'e' nessun problema.
Dai poche info comunque. Che errore hai ? Non compila ? Windows ? Mac? Linux ? Nuovo PC ?
Con che tecnica fai upload su atmel vergine ? Arduino Uno as ISP ?