Bei einem 3D-Drucker müssen praktisch nur geringe Reibungs- und Beschleunigungskräfte aufgewendet werden. Dazu genügt ein 3-Achsen Schrittmotortreiber Shield.
Bei einer CNC-Maschine müssen zusätzlich noch Kräfte zur Zerspanung aufgewendet werden, da braucht es stärkere Motoren und damit auch mehr Ampere von der Steuerung. Die Links sind willkürliche Beispiele zur Illustration.
Beim Arduino solltest Du zum Mega2560 greifen oder zu Alternativen mit mehr Leistung wie dem Teensy. Letzteren (3.2) verwende ich zur Ansteuerung von LEDs, wie der sich im Zusammenhang mit CNC macht, kann ich nicht sagen.