Ciao,
va bene anche il driver A4988, se non erro (vado a memoria) puoi impostare il micro-passo fino a 1/16, collegare i pin a stato logico alto significa collegarli a +5V (Vcc) a stato basso a 0V (GND).
Praticamente tu vorresti leggere l'encoder e pilotare il passo-passo se ho capito bene, abbastanza semplice allora, l'unica cosa sarà decidere se la velocità del motore sarà costante (molto più semplice il tutto) o proporzionale all'encoder (allora dovrai anche leggere la velocità dell'encoder oltre che la posizione).