Purtroppo non so che altro dirti, non è mai successo a nessuno questa cosa, nemmeno a Pablos che io ricordi, nonostante lui dica diversamente, tant'è che la sua board la uso io regolarmente e funziona. O più precisamente il problema si è verificato varie volte con l'ATmega328P, in alcuni casi è bastato caricare il bootloader di Arduino 2009 in altri casi hanno proprio dovuto sostituire il micro. Intanto ti consiglio vivamente di NON giocare con i fuse perché se non li conosci bene fai danni forti, quindi ripristina quelli originali della tua scheda ricaricando il bootloader con la board coi parametri corretti. Ma prima elimina la versione 1.5.x da computer, non so se possa creare conflitti con qualche file comune; a me succedeva con le 0022 e 1.0.1, finché non ho capito il problema sono uscito pazzo.
Comunque il condensatore da 10µF non serve a niente come lo hai collegato tu (tra ARef e GND), va collegato tra 3,3V o 5V (+) e RST (-). In ogni caso la programmazione ISP dovrebbe funzionare anche senza questo C, che serve SOLO in caso si verifichi un errore ben preciso.
Intanto ripristina tutto, verifica questa cosa del condensatore e poi collega la mega all'USB del PC e setta la COM esatta; più tardi facciamo un po' di prove da riga di comando, se vuoi.