collegando la Mega direttamente all'IDE si riesce a programmare, ma solamente per una volta, poi bisogna nuovamente ricaricare il bootloader
E' successo anche a me con un 2560 in questo lungo thread [Mega 2560] Non termina l'upload dello sketch - #37 by pablos71 - Generale - Arduino Forum « Reply #36 on: July 06, 2012, 08:57:34 am » ho fatto diventare matto Menniti 
Sicuro che il Reset-EN sia chiuso?
ciao