Ciao Paolo! La tua MEGA ADK funziona ancora a meraviglia 
@ onire: scusa ma mi era sfuggito quest'ultimo passaggio che ha evidenziato Pablos. Ora che sono da PC e non da Smartphone mi spiego meglio. Quando si carica il bootloader su Arduino MEGA 2560 o ADK, mediante tecnica ISP, con un qualsiasi altro Arduino come programmatore, si ottiene l'errore che hai indicato tu. Abbiamo scoperto che tale errore è dovuto al fatto che viene effettuata la verifica dopo la scrittura del bootloader. Ma tale verifica invece di partire dall'indirizzo 0x1f000 (mi pare...) parte da 0x1e000, di conseguenza trova la prima locazione vuota (ff) invece di trovare il dato che si aspetta (0d); quindi è un problema di AVRDUDE ed è solo un problema di verifica, visto che la scrittura è andata a buon fine. Questa prova l'ho fatta svariate volte ed ho avuto diversi riscontri da altri utenti e perfino dal reparto tecnico di Elettronica In: a prescindere dall'errore poi funziona tutto regolarmente.
Quindi il fatto che tu non riesca a caricare una seconda volta uno sketch non è normale; Paolo dice che aveva lo stesso problema, io non me lo ricordo più, ma ad un certo punto lui mi regalò la sua scheda ed è ancroa qui perfettamente funzionante. Ora ti faccio alcune domande banali, quindi non te la prendere, ma a volte capitano anche ai migliori....:
1 - Che versione di IDE usi?
2 - Quando parli di collegamento all'IDE intendi che colleghi la MEGA alla porta USB? La setti correttamente poi?
3 - A questo punto per il caricamento usi il normale carica/upload invece di carica con un programmatore?
Dovresti poi fare una prova:
- Dopo il caricamento dello sketch, invece di ritentare subito prova prima a spegnere il PC e riaccenderlo e vedi cosa succede.
@ Paolo: non penso ci sia un problema di RES_EN, in caso contrario non caricherebbe mai nemmeno il primo sketch, se non con procedura manuale.