Se non hai usato comandi seriali la manovra di emergenza non serve a nulla; chiarito che stiamo parlando della UNO il quarzo a cui ti riferisci non è collegato al micro 328P bensì al 16u2, che è il convertitore USB-seriale; avendo lavorato con i 12v senza piena consapevolezza dei rischi, facilmente hai fatto danno, purtroppo; prova a misurare che tensione ti trovi sul pin 5V, così almeno escludiamo l'alimentazione.