Se non hai un programma complesso che non deve perdere tempo, una mega + eth sheld vanno più che bene.
Fatti 2 conti, la mega ce l'hai già devi solo prendere uno shield eth senza poe.
Puoi sempre optare per una yun + shift register, però complichi l'hardware (3.3v) e il software, tieni presente che con la manipolazione dei registri con pochissimi byte di trasmissione dati hai il controllo totale dei pin. è solo una questione di scelta, personalmente non conosco la yun.
ciao