Hallo,
erst mal solltest Du wissen welche Ausgangssigale die Thermoelemente haben, Es gibt da von mV Bereich bis Ohm als PT100, PT1000 eigentlich alles. Eventuell brauchst Du von einen Messverstärker ( Wandler ) auf 0-10V oder besser 0-5V. Damit kommst Du dann bei 0-1000°C auf eine Auflösung von 1-2 Grad.
Das Arduino Programm ist kein Problem , Zwei Spannungen einlesen und auf die serielle Schnittstelle ausgeben. Zur Anzeige auf dem PC kannst Du den internen Monitor benutzen oder einen separates Terminal Programm. Wenn das dann noch loggen ( Daten auf Datei schreiben ) kann kann man die Daten auch später mit Excel auswerten. Noch simpler gehts auch mit markieren/Kopieren/einfügen mit dem Monitor. Musst dann nur mal überlegen wie schnell du hintereinander messen willst.
200 Messwerte kannst Du auch auf dem Arduino speichern und dann später auslesen. Dazu könnte man mit einem Terminal-Program einen Befehl an den Arduino geben, worauf er die Daten dann ausgibt.