Timer counter con external clock en DUE

Buen día a todos, les hago una consulta, alguien conoce una forma fácil de poder configurar los Timer Counter del Arduino DUE como contadores de pulsos externos? Estoy peleando con el datasheet y los registros y no estoy llegando a buen puerto. Estoy utilizando como base la librería DueTimer.h a la cual le estoy intentando anexar la opción de clock externo y de lectura del registro Counter Value Register pero no camina.
Desde ya muchas gracias!

Les comento, para el que le interese, que al final puse a contar los pulsos mediante una interrupción externa y un contador por software. Capturo 250ms de datos por el ADC interno, calculo y muestro la forma de onda en un GLCD 128x64, cuento los pulsos y los muestro en una display de 8 digitos de 7seg. multiplexado por software y así y todo el arduino DUE puede atender y contar pulsos externos de hasta 80khz aprox. Utilizar un contador por software teniendo uno por hardware no es lo recomendable pero al DUE le sobra potencia para esta tarea.

Saludos!

PD: Solo necesitaba leer pulsos de 25hz, los 80khz (no recuerdo si no fue más) fue lo máximo que contó antes de generar errores con los display.