SuperBaloo
J'ai l'impression que ta réflexion est relativement bien avancée.
De mon point de vue, je prêche la religion des machines d'état.
De ce que je vois de ta description tu as de quoi créer 2 ou 3 machines d'état qui vont gérer par exemple les moteurs, les décisions globales, ...
Je te suggère de regarder ce sujet là : http://arduino.cc/forum/index.php/topic,102491.15.html
où j'ai conseillé mat0013 sur la création d'un programme pour contrôler un train.
Je lui ai fait un code que je pense être assez didactique (fichier demo_train2.ino ici).
Tu devrais pouvoir t'en inspirer pour voir la méthode de travail.
A+