Du bringst Capture und Compare Modus durcheinander. Im Capture Modus misst man die Breite von Impulsen. Der Timer arbeitet als Counter und wenn eine Flanke kommt wird das Counter Register in das Capture Register kopiert. Und ein Interrupt ausgelöst wo man dann die Impulse-Länge berechnen kann (aus dem Timer Takt, dem Inhalt des Counter Registers und den Überlaufen).
Wenn man High- und Low-Zeit getrennt messen will schaltet man die Flanke um auf die getriggert wird.
Der Output Compare Modus ist um die Anzahl der Impulse zu zählen. Der Timer kann statt intern über einen externen Pin getaktet werden und bei einer bestimmten Anzahl von Impulsen wird ein Interrupt ausgelöst.
Es macht nicht viel Sinn das beides zu kombinieren
Um Frequenzen zu messen geht im Prinzip beides. Für hohe Frequenzen misst man am besten die Anzahl der Impulse in einer gewissen Torzeit. z.B. die Impulse innerhalb von 250ms mal 4 ergibt direkt die Frequenz in Hertz.
Bei niedrigen Frequenzen hat das den Nachteil dass die Torzeit sehr hoch sein muss, wodurch die Reaktionszeit schlecht ist. Da ist es besser man misst die Impulslänge