Wenn du den ATmega mit 16 MHz betreibst wie im ersten Post beschrieben, kannst du als Board einfach das UNO auswählen und dein Sketch mit "Upload mit Programmer" programmieren.
Minimalschaltung findest du z.B. hier auf der Seite von Nick Gammon http://www.gammon.com.au/forum/?id=11637
Ich denke ansonsten gibt es nicht viel zu beachten. Evtl. könntest dir auch den externen Quarz sparen, wenn dir der interne Takt von 8 MHz ausreicht.