Se que sería posible mandar un cable del pin 3 de LPT al arduino y ponerlo a revisar si está activado para que no ajuste el timer ni encienda el pin 13, pero me preocupa que detecte antes el pin del opto y me quede un timer de 100ms
Claro que es posible. No hay problema en hacerlo. Los niveles de salida del LPT son TTL 0-5V como los de tu arduino asi queno hay problema Entre GND y el pin 3 del LPT puedes monitorearlo como una señal digital entrante.
Indica las variables que usarías para tal tarea y con gusto te ayudamos.