Jamas en mi vida he usado un resistor de 1K y un led para indicar una entrada y su estado.
Eso se hace de otra manera (por ejemplo con un Transistor que monitoree la entrada y comande el LED) y desde el comienzo he hecho observaciones al respecto.
Te sobran pines en el arduino para que otro pin comande el led para mostrar el estado y un pin exclusivo vea el nivel LOW/HIGH al que yo te estoy indicando que le pongas un Resistor de 1K a masa para que no haya cosas raras al momento de quitar el LPT.
Tal como lo tienes con la R de 1k y el LED cuando quitas el LPT tienes el pin del Arduino referenciado a masa como lo que yo te sugerí con la R de 10k (sin pensar en el LED y la R de 1K).
En estas condiciones dices que las entradas cambian?