Ein Unterschied ist, dass der Atmega8 ein TIMSK Register für alle Timer hat. Auf den höheren Prozessoren hat jeder Timer sein eigenes TIMSK Register. Das gleiche mit TIFR (Timer Interrupt Flag Register), wobei man das nicht per Hand anfassen muss.
Es gibt aber generell große Unterschiede bei den Timern. Timer0 hat keine Ausgänge und macht kein Hardware PWM. Und Timer2 hat nur einen Ausgang, statt zwei. Deshalb gibt es da keine A/B Bits.