Eine gute Lösung dafür ist "scons", zusätzlich "pyserial" oder auch "pyserial2" installieren.
Schau mal hier:
http://code.google.com/p/arscons/
"SConstruct" aus "arscons" wird auch noch benötigt.
Du kannst mit "lsusb" bzw. "ls /dev/ttyU* /dev/ttyA*" feststellen, wie der Uno über USB ansprechbar ist. Dann "SConstruct" entsprechend anpassen.
"avr-gcc", "avrdude", etc. wirst Du ja bereits installiert haben.
Viel Erfolg, mmi.