Du hast doch jetzt ein Programm auf Deinem PC, welches die Steuerbefehle per COM-Port über USB an den R3 sendet, korrekt?
Erweiterst Du nun Deinen R3 um WLAN, z.B. mit einem WiFi-Shield, musst Du Dir eine neue Kommunikationsart überlegen.
Denn nun hast Du ein Gerät, mit der Möglichkeit ins Netzwerk eingebunden zu werden. Das spricht aber noch mit niemandem. Eine Server-Client Struktur ist von Nöten!
Die imho einfachste Möglichkeit wäre einen HC-05 & HC-06 zu kaufen. Und eine CP210X Serial Bridge.
Dann kannst Du den HC-05 als Master definieren und per CP210X an den PC anschließen. Dort sieht Du nun einen klassischen COM-Port und kannst nach wie vor Daten an ihn übermitteln.
An den R3 steckst Du das 06 Slave Modul und sprichst es per SoftwareSerial an.
Dann hast Du zwar auch einen "Dongle" am PC, kannst ihn aber wie einen COM Port verwenden und Dein Programm weiter verwenden.