Ja. Man kann entweder fertige Libraries und Funktionen verwenden die die Interna des µCs kapseln, oder auch die Register direkt ansprechen. In der Praxis verwendet man meistens eine Kombination davon, je nachdem was man macht und wie performant das sein muss. Wenn etwas nicht super schnell sein muss, spricht nichts dagegen fertige Funktionen zu verwenden.
Bei manchen Sachen kommt man auch nicht drum herum die Register direkt zu verwenden wenn es vernünftig funktionieren soll. Und nicht alles ist in Libs implementiert.
Wenn du aber aus irgendeinem Grund komplett auf die höheren Sprachmittel verzichten willst, kannst du auch auf die Arduino Software verzichten und gleich rein mit Atmel Studio arbeiten.