Salve, sono il creatore dell'articolo che ha linkato Gerardo in un altro thread (http://tecnomente.altervista.org/2014/03/28/usare-joystick-ps2-pc-ps3-arduino/).
Se volete tornare ad Arduino (dopo averlo riprogrammato per farlo diventare HID) non vi basta altro che metterlo di nuovo in DFU mode e avviare il TurnIntoAnArduino di UnoJoy.
In effetti su UnoJoy non si trova tanta documentazione in inglese e tanto meno in italiano ma il suo funzionamento è abbastanza semplice. Il codice di esempio che viene fornito non fa altro che rilevare se viene cliccato un bottone (un PIN che va a GND) e lo fa corrispondere al tasto del joystick. Questo implica che per ogni tasto venga utilizzato un PIN.
Nella mia guida troverai invece l'intero joystick funzionante in 4 PIN semplicemente perchè sfrutto la libreria PS2X "unendola" a UnoJoy (il codice l'ho fatto un pò a intuito ma funziona alla perfezione :D).
P.S. non so se l'avete notato ma questa discussione capita al momento giusto, ho pubblicato l'articolo ieri!