Salve, vorrei eseguire l'upload dei binari tramite un mio programma in Java (senza utilizzare programmi esterni: 'pure java'). Cerco suggerimenti, idee, link, pezzi di programma. Il mio problema è strettamente l'upload (caricherei un programma fisso già compilato) .
Non puoi fare l'upload con Java a meno di non riscriverti da zero il software di comunicazione 
Per questo devi usare "avrdude", che è il programma che spedisce materialmente il binario all'Arduino o al chip in standalone. E' ciò che fa anche l'IDE di Arduino, si appoggia ad avrdude.
Se attivi l'upload verboso (cioè con la stampa sulla seriale dei messaggi di avrdude) vedrai durante l'invio di uno sketch i parametri usati dall'IDE che vengono passati ad avrdude. Puoi prendere esempio da lì.
Se hai Linux, basta anche dare "man avrdude" da terminale per vedere quali sono.