Upload nur nach vorherigen Ein /-Aussteckens des Arduino Uno r3 (an USB 3.0) möglich, allerdings nur einmalig.
Danach Wiederholung des Ein/-Aussteckens notwendig. Upload über den USB 2.0 Anschluss problemslos möglich.
Nach Deiner Beschreibung würde ich auf ein Treiberproblem für den USB 3.0-Anschluss schliessen. Bei mir läuft der Upload auf einem Ubuntu 12.04 problemlos, allerdings habe ich dort keinen USB 3.0-Anschluss. Kannst Du bis zu einem Treiber-Update nicht einfach den USB 2.0-Anschluss benützen?