Gestire la carica della batteria con arduino lo vedo una brutta idea.
Un accumulatore NiMH da 9V e un accumulatore al Piombo da 12V hanno caratteristiche di carica totalmentze diverse.
Comprati un caricabatteria per accumulatore al piombo 12V che puó restare attacato al accumulatore di continuo e prendi la tensione del accumulatore per alimentare Arduino.
Ciao Uwe