... si può tranquillamente usare un Arduino AVR ... come per gli STM cambia solo l'ambiente di sviluppo, ovviamente NON si usa l'IDE ma altri embienti (es. MPLAB X di Microchip) e veri debugger che si collegano sul connettore ICSP 
Se poi uno usa schede che montano le MCU ARM SAM credo che il debug si possa fare anche dall'IDE Arduino 2.0 (... ancora in beta) che lo prevede solo per alcune famiglie di schede 
Guglielmo