Prova ad assegnare un nome diverso al micro quando scrivi il nuovo txt, credo va in conflitto con la configurazione dell'atmega8 inclusa nell'ide.
Questo è quello che uso io, vedi se va...
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atm8.name=ATmega8 standalone 16MHz
atm8.upload.protocol=stk500
atm8.upload.maximum_size=8192
atm8.upload.speed=19200
atm8.upload.using=arduino:arduinoisp
atm8.bootloader.low_fuses=0xdf
atm8.bootloader.high_fuses=0xca
atm8.bootloader.path=atmega8
atm8.bootloader.file=ATmegaBOOT.hex
atm8.bootloader.unlock_bits=0x3F
atm8.bootloader.lock_bits=0x0F
atm8.build.mcu=atmega8
atm8.build.f_cpu=16000000L
atm8.build.core=arduino