No debería pasar nada. Digo esto porque a algunos en circunstancias poco claras les ha ocurrido. A mi incluso me ha pasado con un UNO.
Pero he repetido la operacion sin problemas. No es posible no hacerlo en determinadas condiciones donde Arduino requiere de fuente externa para funcionar y uno quiere reprogramarlo.
Si tienes dudas, muy simple. cada vez que lo reprogramas (USB mediante) desconectas la fuente y luego pruebas todo sin ella. Ahora si require monitorear no hay remedio.