El chipkit32 no es compatible totalmente ni en hardware, ni en código, ni en librerías, ni en shields con Arduino.
La USB Host Shield parece que por suerte es compatible con chipkit32
¿Que que archivos te hacen falta? Pues todos los que hay aquí GitHub - felis/USB_Host_Shield_2.0: Revision 2.0 of USB Host Library for Arduino.
Y mira los ejemplos que vienen para tener una idea de por donde empezar.