Die LiPo Akkus kann der Arduino schützen. Mit einem Analogeingang die Zellspannung messen und wenn die Spannung zu gering wird, dann schaltet er sich selbst ab.
Ich habe mir vom freundlichen Chinesen Boards bestellt, die aus einer LiPo Zelle 5V machen und weitere Module, die aus 5V den LiPo laden können.
Diese hier: http://www.ebay.de/itm/121150366656?ssPageName=STRK:MEWAX:IT&_trksid=p3984.m1423.l2649
und http://www.ebay.de/itm/370906211162?ssPageName=STRK:MEWAX:IT&_trksid=p3984.m1423.l2649
Werde ich demnächst mal testen. Durch alte Handys, digitale Fotoapparate usw. haben sich auch etliche nicht mehr benötigte Li-Akkus angesammelt, die einer sinnvollen Verwendung harren 
Gruß Gerald