USB Serial on Leonardo is affecting a sketch

Second sketch -- PC logging version
I had to trim my case statements to fit here.
Both work as long the Leonardo USB to Serial Adapter is connected to a PC.

PC logging version

int led = 13;
byte globalCRC[2];


void setup()
{
  Serial.begin(19200);
  Serial1.begin(19200);
  pinMode(led, OUTPUT);
}

void loop()
{
  int i;
  int len;
  boolean mainDoorStatus;
  boolean cashDoor;
  boolean cashBox;
  boolean standDoor;
  boolean changeLight;
  byte curCredits[2] = {0x01, 0x1A};
  byte serByte;
  byte PC;
  byte lastPoll;
  byte bonus[9]={
    0x01, 0x8A, 0x00, 0x05, 0x00, 0x00, 0x00, 0x2E, 0xDD                            };
  byte gDisable[4]={
    0x01, 0x01, 0x51, 0x08                    };
  byte gEnable[4]={
    0x01, 0x02, 0xCA, 0x3A                  };

  if (Serial.available()>0) 
  {
    PC=Serial.read();
    switch(PC)
    {
    case 0x44:
      Serial.print("Disable machine requested by tech\n\r");
      sendCommand(gDisable,4);
      break;
    case 0x45:
      Serial.print("Enable machine requested by tech\n\r");
      sendCommand(gEnable,4);
      break;
    default:
      break;
    }
  }

  UCSR1C = 0b00000110;
  UCSR1B = 0b10011101;  // turn 9th bit on
  Serial1.write(0x80);
  //delay(1);
  //UCSR1B = 0b10011101;  
  Serial1.write(0x81); 
  delay(1);
  UCSR1B = 0b10011100;  // turn 9th bit off
  delay(10);
  serByte=0;
  if (Serial1.available()>0) serByte=Serial1.read();
  if (serByte>0)
  {
    if (serByte != lastPoll)
    {
      lastPoll = serByte;
    }
    else serByte=0;
  }  
  
  // debugging code
  // if (serByte>0 && serByte!=0x1F)
  // {    
  // Serial.print("RX: ");
  // Serial.print(serByte,HEX);
  // Serial.print("\n\r");
  // }
  

  switch (serByte)
  {
  case 0x00:
    break;
  case 0x01:
    Serial.print ("0x01 Ack\n\r"); 
    break;
  case 0x11:
    if (mainDoorStatus==false)
    {
      digitalWrite(led,HIGH);
      Serial.print("0x11 Main door opened\n\r");
      mainDoorStatus=true;
    }
    break;
  case 0x12:
    if (mainDoorStatus==true)
    {
      digitalWrite(led,LOW);
      Serial.print("0x11 Main door closed\n\r");
      mainDoorStatus==false;
    }
    break;
  case 0x13:
    if (standDoor==false)
    {
      digitalWrite(led,HIGH);
      Serial.print("0x13 Stand door opened\n\r");
      standDoor=true;
    }
    break;
  case 0x14:
    if (standDoor==true)
    {
      digitalWrite(led,LOW);
      Serial.print("0x14 Stand door closed\n\r");
      standDoor=false;
    }
    break;
  case 0x19:
    if (cashDoor==false)
    {
      digitalWrite(led,HIGH);
      Serial.print("0x19 Cashbox door opened\n\r");
      cashDoor=true;
    }
    break;
  case 0x1A:
    if (cashDoor==true)
    {
      digitalWrite(led,LOW);
      Serial.print("0x1A Cashbox door closed\n\r");
      cashDoor=false;
    }
    break;
  case 0x1B:
    if (cashBox==false)
    {
      digitalWrite(led,HIGH);
      Serial.print("0x1B  Cashbox was removed\n\r");
      cashBox=true;
    }
    break;
  case 0x1C:
    if (cashBox==true)
    {
      digitalWrite(led,LOW);
      Serial.print("0x1C  Cashbox was installed\n\r");
      cashBox=false;
    }  
    break;
  case 0x1F:
    break;
  case 0x20:
    Serial.print("0x20  General tilt\r\n");
    break;
  case 0x26:
    Serial.print("0x26  Player initiated cash out\r\n");

  case 0x3D:
    Serial.print("0x3D  A cash out ticket has been printed\r\n");
    getTicketInfo(0);
    break;
  case 0x3F:
    Serial.print("0x3F  Validation ID not configured.\r\n");
    break;
  case 0x51:
    handPay(0);
    break;  
  case 0x57:
    Serial.print("0x57 System Validation requested\n\r"); 
    printTicket(0);   
    break;
  case 0x66:
    Serial.print("0x66 Cash out button pressed\n\r");
  case 0x67:    
    Serial.print("0x67 Ticket Inserted.\n\r");
    redeemTicket(0);
    break;
  case 0x68:
    Serial.print ("0x68  Ticket transfer complete\n\r");
    transferComplete(0);
    break;
  case 0x71:
    if (changeLight==false)
    {
      Serial.print("0x71 Change light on.\n\r");
      digitalWrite(led,HIGH);
      changeLight=true;
    }
    break;
  case 0x72:
    if (changeLight==true)
    {
      Serial.print("0x72 Change light off.\n\r");
      digitalWrite(led,LOW);
      changeLight=false;     
      sendCommand(bonus,9);
      delay(10);
      sendCommand(curCredits,2);
      for (int i=0; i<9; i++)
      {
       serByte=Serial1.read(); 
      }
      
    }
    break;
  case 0x7C:
    Serial.print("0x7C Legacy bounus pay has occured\n\r");
    break;
  default:
    break;
  }
  delay(30);
}

void handPay(int dummy)
{
  int i;
  byte temp[24];
  temp[0]=0x01;
  temp[1]=0x1B;
  sendCommand(temp,2);
  for (i=0; i<24; i++)
  {
    temp[i]=Serial1.read();   
  }
  Serial.print("0x57 Handpay is pending\n\r");
}

void getTicketInfo(int dummy)
{ 
  int i;
  byte getVal[5]={
    0x01, 0x4D, 0x00, 0xC2, 0xAC                              };
  sendCommand(getVal,5);
  delay(50);
  for (i=0; i<Serial1.available(); i++)
  {
    getVal[0]=Serial1.read(); // read the data and discard it. 
  }    
}

void printTicket(int dummy)
{
  int i;
  byte sysVal[13];
  sysVal[0]=0x01;
  sysVal[1]=0x57;
  sendCommand(sysVal,2);
  delay(50);
  for (i=0; i<10;i++)
  {
    sysVal[i]=Serial1.read();
  }      
  sysVal[1]=0x58;
  sysVal[2]=0x01;
  for (i=10; i>5; i--)
  {
    sysVal[i]=sysVal[i-3];
  }
  for (i=3;i<6;i++)
  {
    sysVal[i]=0x00;
  }
  computeCRC(sysVal,11);

  sysVal[11]=globalCRC[0];
  sysVal[12]=globalCRC[1];
  Serial.print("Printed cashout ticket.\n\r");
  sendCommand(sysVal,13);
  delay(20);
  for (i=0; i<5; i++)
  {
    sysVal[i]=Serial1.read();
  }
}

void redeemTicket(int dummy)
{
  int i;
  byte ticket[21];
  ticket[0]=0x01;
  ticket[1]=0x70;
  Serial.print("0x67 Ticket Inserted.\n\r");
  Serial.print("     Ticket redeemed.\n\r");
  sendCommand(ticket,2);
  delay(50);
  for (i=0;i<21; i++)
  {
    ticket[i]=Serial1.read();     
  }
  Serial.print("\n\r");
  ticket[1]=0x71;
  for (i=4; i<9; i++)
  {
    ticket[i]=ticket[i+10]; 
  }    
  computeCRC(ticket,19);
  ticket[19]=globalCRC[0];
  ticket[20]=globalCRC[1];
  sendCommand(ticket,21);   
  delay(50);
  for (i=0; i<21; i++)
  {
    ticket[i]=Serial1.read();
  }  
}

void transferComplete(int dummy)
{
  byte transComplete[6]={
    0x01, 0x71, 0x01, 0xFF, 0x1F, 0xD0                              };
  sendCommand(transComplete,6);
  delay(20);
  for (int i=0; i<21;i++)
  {
    transComplete[0]=Serial1.read();
  }
}

void sendCommand(byte temp[], int len)
{
  UCSR1B = 0b10011101; 
  Serial1.write(temp[0]);
  delay(1);
  UCSR1B = 0b10011100;
  for (int i=1; i<len;i++)
  {
    Serial1.write(temp[i]);
    delay(1);
  }
}

void computeCRC(byte val[], int len)
{
  globalCRC[0]=0;
  globalCRC[1]=0;
  long crc;
  long q;
  byte c;
  crc = 0;
  for (int i = 0; i < len; i++)
  {
    c = val[i];
    q = (crc ^ c) & 0x0f;
    crc = (crc >> 4) ^ (q * 0x1081);
    q = (crc ^ (c >> 4)) & 0xf;
    crc = (crc >> 4) ^ (q * 0x1081);
  }
  globalCRC[0]=crc & 0xff;
  globalCRC[1]=crc >> 8;

}  // End of ComputeCRC