USB Serial

el_pedriyo:
estoy mirando que la maxima longitud de un cable usb para que no pierda debe de ser hasta 5m, no se si asumir que el por el tema de la alimentacion o realmente por que solamente hasta 5m, ya que un cable de 0.5 hasta que pierda señal tienes que tirar muchos mas metros.

La parte de la alimentación es la más delicada en longitud. La resistencia de los alambres se vuelve más aparente cuanta más potencia se le exija y cuán largos sean.
Las líneas de datos suelen de impedancia mucho más alta; por eso el enemigo de estos no es tanto la longitud sino el ruido electromagnético. La amenaza está en alterar el flujo de bits, ya sea por inducción de voltaje adicional o por desfase de pulsos.

el_pedriyo:
Ademas de que necesito usar una conexion por usb pero logicamente cortando los cables internos del usb de alimentacion, ya que lo alimentare con una fuente externa por los propios pins, con lo que solamente usare los cables D+ y D- del usb. Simplemente con este conocimiento quiero saber si por ejemplo uso un cable de red, o incluso uno que no sea red, si realmente afectaria tirar 5m y por que?

Si vas a utilizar UTP para las líneas de datos, asegurate que sea al menos de calidad cat-5e. No solo D+ y D- debes pasar; también la línea de tierra o las señales se corromperán de cualquier modo.

La única forma de transmisión de señales digitales resistente al ruido electromagnético: la luz.
Con transmisores USB de fibra óptica como este, no tendrás nada de que preocuparte. Evidentemente la luz no es conductora de electricidad, por lo tanto, el dispositivo del otro extremo debe ser alimentado externamente.

el_pedriyo:
Tambien se que arduino integra puertos serial que son el RX y el TX, y querria saber si de esa forma me puedo ahorrar conectarlo por usb, es decir, conectar D+ y D- a RX y TX

No. Aunque funcionen al mismo nivel del voltaje, el protocolo y ancho de pulsos son totalmente distintos.

Lo que llamas "puerto serial" en realidad se denomina UART o USART; no es lo mismo que USB excepto que ambos solo pueden transmitir un bit a la vez (de ahí que sean "seriales" o "en serie"). Aparte de que los protocolos no son los mismos, la velocidad tampoco. Incluso USB 1.0 trabaja 6 veces más rápido que el máximo que puede ir el USART de Arduino (12 Mbps vs 2 Mbps).