Utilización de registros del Timer 3 en Arduino Mega 2560

Hola a todos! Quería saber si alguno me podía dar una mano en la utilización de los registros del timer 3, porque buscando en internet no me termina de quedar del todo en claro. Lo que necesito hacer es hacer que el timer me vaya contando intervalos de 500 nano segundos (utilizo el prescaler de 8 ) y que vaya aumentando así el contador TCNT3, y luego sacar el valor de este a una variable y luego volver el contador a 0 para volver a repetir el proceso. Por lo que tengo entendido me bastaria con utilizar el registro TCNT3 y hacer que TCCR3B |= (1 << CS11), pero con esto basta para que el timer empieze a contar? y cuando comienza a hacerlo exactamente? Saludos y gracias