Tutti i registri sono utilizzabili direttamente da codice perché sono mappati dalla toolchain, basta prendere il datasheet del micro interessato e poi impostare i registri. L'anno scorso all'incontro di Bassano ho fatto vedere come gestire i timer.Scaricati lo zip da questo link:
http://forum.arduino.cc/index.php?topic=167655.msg1303328#msg1303328
per una prima infarinatura 