Non hai finito i pin, mi pare che tu non usi quelli analogici.
Sappi che questi pin possono essere utilizzati come normali pin digitali semplicemente indirizzandoli con i valori da 14 a 19 rispettivamente per A0...A5.
Comunque a me con la R1 il led non lampeggia quando collego la scheda. Ci vorrebbe la testimonianza di qualcun altro che ha la R3, forse il firmware dell'Atmega16U2 gestisce in modo diverso l'avvio.