Il delay serve principalmente se spedisci dati al computer, per evitare che lo sketch, appena partito, ti occupi la seriale e ti impedisca di aprire la connessione dal PC.
Se invece hai qualcosa collegato materialmente a quei 2 pin, ti conviene inserire un paio di jumper subito dopo i pin in modo che quando devi caricare lo sketch nuovo ti basta aprire questi ponticelli, senza dover smontare tutto.