Así como dice Surbyte, necesitamos todo el código, aquí el principal problema es que no sabemos cómo haces que vaya aumentando o disminuyendo el brillo de los leds, si es un pwm a la entrada de un transistor o es un controlador, no se se me ocurren varias cosas.
pero a mi se me ocurre poner dos for, uno para aumentar el brillo y otro para disminuir, se haría el aumento con un pwm, y dentro de cada uno de los for una función de retardo para hacer lo que dices aumentar o disminuir el tiempo.
Saludos.