Verification error when uploading to Atmega644pa

Hello all,

I have a custom-made PCB which holds an Atmega644pa chip. I have been uploading to this chip using the Arduino IDE with no issues, however recently I started to get an avrdude verification error that I can't make sense of.

Can anyone tell me what might be causing this error? Thanks in advance.

Here is the output from the upload:

avrdude: Version 6.0.1, compiled on Apr 14 2015 at 16:30:25
         Copyright (c) 2000-2005 Brian Dean, http://www.bdmicro.com/
         Copyright (c) 2007-2009 Joerg Wunsch

         System wide configuration file is "/Users/Justin/Downloads/Arduino.app/Contents/Java/hardware/tools/avr/etc/avrdude.conf"
         User configuration file is "/Users/Justin/.avrduderc"
         User configuration file does not exist or is not a regular file, skipping

         Using Port                    : /dev/cu.usbserial-AL02BZ45
         Using Programmer              : arduino
         Overriding Baud Rate          : 115200
         AVR Part                      : ATmega644P
         Chip Erase delay              : 55000 us
         PAGEL                         : PD7
         BS2                           : PA0
         RESET disposition             : dedicated
         RETRY pulse                   : SCK
         serial program mode           : yes
         parallel program mode         : yes
         Timeout                       : 200
         StabDelay                     : 100
         CmdexeDelay                   : 25
         SyncLoops                     : 32
         ByteDelay                     : 0
         PollIndex                     : 3
         PollValue                     : 0x53
         Memory Detail                 :

                                  Block Poll               Page                       Polled
           Memory Type Mode Delay Size  Indx Paged  Size   Size #Pages MinW  MaxW   ReadBack
           ----------- ---- ----- ----- ---- ------ ------ ---- ------ ----- ----- ---------
           eeprom        65    10   128    0 no       2048    8      0  9000  9000 0xff 0xff
           flash         33     6   256    0 yes     65536  256    256  4500  4500 0xff 0xff
           lock           0     0     0    0 no          1    0      0  9000  9000 0x00 0x00
           lfuse          0     0     0    0 no          1    0      0  9000  9000 0x00 0x00
           hfuse          0     0     0    0 no          1    0      0  9000  9000 0x00 0x00
           efuse          0     0     0    0 no          1    0      0  9000  9000 0x00 0x00
           signature      0     0     0    0 no          3    0      0     0     0 0x00 0x00
           calibration    0     0     0    0 no          1    0      0     0     0 0x00 0x00

         Programmer Type : Arduino
         Description     : Arduino
         Hardware Version: 3
         Firmware Version: 5.0
         Vtarget         : 0.3 V
         Varef           : 0.3 V
         Oscillator      : 28.800 kHz
         SCK period      : 3.3 us

avrdude: AVR device initialized and ready to accept instructions

Reading | ################################################## | 100% 0.00s

avrdude: Device signature = 0x1e960a
avrdude: reading input file "/var/folders/s0/l817bk5x1nn0mw76t1vg7g400000gn/T/build399ce191c485878c6cb5f683a16a301b.tmp/AergoV1.1.ino.hex"
avrdude: writing flash (53434 bytes):

Writing | ################################################## | 100% 10.04s

avrdude: 53434 bytes of flash written
avrdude: verifying flash memory against /var/folders/s0/l817bk5x1nn0mw76t1vg7g400000gn/T/build399ce191c485878c6cb5f683a16a301b.tmp/AergoV1.1.ino.hex:
avrdude: load data flash data from input file /var/folders/s0/l817bk5x1nn0mw76t1vg7g400000gn/T/build399ce191c485878c6cb5f683a16a301b.tmp/AergoV1.1.ino.hex:
avrdude: input file /var/folders/s0/l817bk5x1nn0mw76t1vg7g400000gn/T/build399ce191c485878c6cb5f683a16a301b.tmp/AergoV1.1.ino.hex contains 53434 bytes
avrdude: reading on-chip flash data:

Reading | ################################################## | 100% 11.13s

avrdude: verifying ...
avrdude: verification error, first mismatch at byte 0x0002
         0x3e != 0xc5
avrdude: verification error; content mismatch

avrdude done.  Thank you.