Janhou:
Dat zaken niet zichtbaar zijn maakt het per definitie diffuus. Is dit alleen voor de Arduino zo of is dit ook bij C# of C++ ?
Het is wat het is in de Arduino wereld; als je in gedachte houdt dat het Arduino team besloot om het leven voor een beginnende programmeur gemakkelijker te maken was het een logische keuze.
Maar ja, als je als beginnende programmeur een normale C/C++ handleiding volgt, kan het verwarrend zijn.
Janhou:
Voor de beginnende programmeur zou ik dan toch de printopdracht in de functie "loop" plaatsen. De herhaling verwacht je niet in de funtie "setup"
Ik vemoed dat je niet helemaal begrijpt hoe het programma dat je laat zien werkt. Er is geen herhaling in setup().
Er is een print opdracht (hello, world!) in setup() die een keer wordt uitgevoerd omdat setup() maar een keer wordt aangeroepen vanuit main(); er is een print opdracht in loop() (millis() / 1000) die iedere keer wordt aangeroepen wanneer loop() wordt aangeroepen vanuit main().
Janhou:
Gestructureerd programmeren begint met transparantie.
Transparantie is veel te gecompliceerd voor de beginner. Als je transparantie wilt ben je waarschijnlijk beter af met Atmel Studio of een fatsoenlijke tekst bewerker (vi, notepad++) en command-line voor het compileren.
Je kunt altijd je eigen main() schrijven en die in je sketch zetten.
int main(void)
{
}
En vervolgen daar op verder bouwen 
En niet huilen als je code wilt overzetten van bv en 328P processor (bv Uno) naar bv een 32U4 processor (bv Leonardo) en een gedeelte moet herschrijven.