En cherchant sur le forum anglais il semble qu'il y ait plus de problèmes sur la 2560 avec Arduino 1.0 qu'avec la version 0023
Notamment a cause d'AVRdude qui ne resetterait pas la carte.
J'ai l'impression de comprendre qu'il faut :
- avec Arduino 1.0, faire un reset de la carte au moment de démarrer le téléchargement (avant, après, ? je suis pas sur - a essayer)
- Utiliser Arduino 0023
Et dans tous les cas bien choisir Arduino 2560
Le forum confirme aussi que la 2560 utilise bien stk500v2.