Wollte nochmal Rückmeldung geben.
Nachdem ich den Arduino Pro Micro nun programmieren kann (Siehe anderen Thread) habe ich das mit dem Wakeup on USB mal ausprobiert. Ich habe die 3 Dateien USBCore.cpp, USBCore.h, USBAPI.h ausgetauscht und ein kleines Testprogramm geschrieben. Funktioniert alles so wie es soll. Der Rechner wacht auf wenn man die Methode USBDevice.wakeupHost() aufruft. Perfekt 
Gruß
Jarny