Die restlichen Bedingungen sind natürlich erfüllt, also Wake on USB und funktionierender Schlafmodus etc.
Wenn Wake-on-LAN bei Dir funktioniert (wie Du ja angibst), wie hast Du das dann getestet? Je nach BIOS ist das anders umgesetzt und somit stark von Deiner Hardware (welche Du noch nicht verraten hast) abhängig, viel weniger von der Software auf dem Arduino.
Gibt es hier jemand der sowas schonmal aufgebaut hat oder es irgendwie verifizieren kann, dass ein Wakeup funktionieren könnte?
Ja, es kann funktionieren, aber nur weil es bei mir funktioniert, heisst das noch lange nicht, dass es mit dem gleichen Setup bei Dir auch tut. Ich sende einfach irgend einen Tastencode und der Rechner erwacht. Es wäre als das Einfachste, Du würdest das bei Dir mal mit einer normalen Tastatur testen, dann weisst Du auch, ob es mit dem Arduino funktionieren wird.