Der Widerstand zwischen Basis und Arduino sollte um die 1kOhm sein. (geht auch wenn er zwischen 220 und 2,2kOhm ist)
Welches ist das DTR Pin?
der 1kOhm Widerstand an der Led ist etwas groß; die LED wird sehr schwach leuchten. Je nach LED-Farbe kann dieser bis 100 Ohm sein.
Wenn Du den Kollektor mit Vin verbindest reskierst Du einen Kurzschluß der Versorgungsspannung.
Ich sehe nichts in Deiner Beschreibung das den Arduino Kaputtgemacht haben könnte. Wieso Glaubst Du daß er kaputt ist?
Grüße Uwe