Es ist aber auch davon abhängig, welche Library du für die DS3231 einsetzt.
Da es sehr viele unterschiede gibt, ist es nicht sicher das es sofort funktioniert.
Anhand der Beispiel in der Library kannst du es sehr schnell herausfinden.
Die Uhren Funktionen der beiden RTC sind gleich von den Registern her.
Wenn die DS3231 schon läuft, kannst du vermutlich deinen vorhandenen Sketch mit
#include <RtcDS1307.h>
#include <RTClib.h>
RTC_DS1307 RTC;
weiter nutzen. ( Keine Ahnung, welche Libraries das tatsächlich sind. )
RTC.Now() sollte die Uhrzeit auch aus einer DS3231 lesen können, wenns weiter nichts ist 