E' normale che se un arduino non è alimentato fa cadere la comunicazione su tutto il bus, ci sono passato tempo fa sperimentando con 7 arduino collegati insieme.
La soluzione c'è, basta soltanto un CD4066 per il tuo caso.
Questo mostra come funziona:
Ecco come puoi collegare il tutto:
Master:
5V sul pin 14 del CD4066;
pin A4 sui pin 2 e 4 del CD4066;
pin A5 sui pin 10 e 8 del CD4066;
Slave 1:
5V sui pin 13 e 12 del CD4066.
pin A4 sul pin 1 del CD4066;
pin A5 sul pin 11 del CD4066;
Slave 2:
5V sui pin 5 e 6 del CD4066.
pin A4 sul pin 3 del CD4066;
pin A5 sul pin 9 del CD4066;
I GND tutti insieme.
In questo modo il master alimenta il CD4066 che è composto da 4 interruttori bilaterali; segui lo schema: secondo i collegamenti se accendi lo slave1 i suoi 5V che vanno sui pin 13 e 12 chiuderanno i contatti sui pin 1-2 e 11-10 mettendo in comunicazione i pin A4 e A5 del master e dello slave1; A4 e A5 dello slave2 non daranno fastidio perchè non sono fisicamente collegati nel bus (se non è alimentato lo slave2 non arrivano 5V sui pin 5 e 6 quindi i contatti 3-4 e 8-9 rimangono aperti).
La stessa cosa accade se accendi soltanto lo slave2, quindi lo slave1 se spento non darà fastidio.
Se accendi tutti e due gli slave non hai comunque nessun problema.
A me ha funzionato benissimo questo metodo,comunque se non hai un CD4066 dovrebbe andar bene anche un 74HC125 (ricontrolla i collegamenti però).
Ciao