Les boutons c'est plus simple de les câbler en INPUT_PULLUP puisque vous pouvez vous passer d'une résistance. Pour les LEDs à vous de voir combien il peut y en avoir d'allumées en même temps et combien elles consomment pour voir si vous pouvez directement les alimenter depuis l'arduino suivant leur type (avec un résistance de limitation de courant)
Au lieu de bricoler avec le code des autres, faites le vôtre c'est pas très compliqué. Vous pouvez prendre la librairie Adafruit par exemple pour votre DS3231 et en fonction de l'évolution de l'heure vous allumez ou éteignez les bons mots