Zähler

Soweit ich weiß muss ich erstmal wissen, welche Ports am Arduino als Ausgänge/Eingänge definiert werden müssen um die Impulse des DFM's auf den Arduino zu bekommen.

Außer A6 und A7 (falls überhaupt vorhanden) kannst du alle Pins als Digital Pins verwenden.
Pin 0 und 1 werden von der Seriellen genutzt. Dürften bei dir also raus fallen.
Der ganze Rest steht dir zur Verfügung.
Freie Auswahl!