J'utilise beaucoup de relais, par exemple ici :
- un-telerupteur-mysensors-pour-rail-din
- une-prise-connectee-mysensors
- arduino-micro-irrigation-automatisee
A part la diode de roue libre, aucune précaution particulière. Comme tu utilises des cartes à relais, je suppose qu'elles sont équipées de cette diode.
Projets N° 1 et 2 : relais 5V et ARDUINO PRO MINI 3.3V.
Ici c'est facile, le régulateur 3.3V isole forcément l'ARDUINO des perturbations sur le 5V.
Projets N° 3 : relais 5V et ARDUINO NANO 5V sur la même alimentation.
Seul ce projet est équipé de protections anti-parasites (cellule RC) en parallèle sur la charge commutée par le relais, car il s'agit d'une vanne motorisée, donc d'une charge inductive.
Ce sont des relais qui fonctionnent tous les jours, qu'il s'agisse de relais nus ou de modules tout faits.
Tu remarqueras aussi que j'utilise des alimentations à découpage de qualité (MEANWELL IRM-05-5 ou IRM-03-5), pas n'importe quel bloc secteur 5V chinois.
Rien de bien extraordinaire, mais les contacts de mon joystick passent par des états aléatoires malgré l'utilisation des pullup.
Faut-il mettre en cause le joystick ? Pas impossible.
J'avais répondu ICI en janvier :
Les informations arrivent au compte-goutte :
- driver : de quoi s'agit-il ?
- 48V
J'aurais tendance à dire que pour l'instant je préfère attendre une description (schéma) précise.
Sans informations de ta part, je ne réagis plus.
Et maintenant on ajoute au compte-goutte : un joystick.
Je confirme : tu n'en dis pas assez. Pas de schéma, pas de liste de matériel 
Ce ne sont pas des problèmes qui vont se résoudre tous seuls avec le temps ou par magie.
C'est à toi qu'il appartient de fournir les infos, et toutes les infos.
Depuis plus d'un mois tu dois avoir eu le temps de faire un schéma.